La Coordinación de Salud Ambiental tiene como objetivo efectuar el análisis y evaluación de los determinantes socioambientales de la salud y promover actividades de prevención y control de los riesgos, para mejorar la calidad de vida y reducir la morbimortalidad de la población. Trabaja sobre factores relacionados con: calidad del agua, calidad del aire, cambio climático, sustancias químicas, intoxicaciones, ambiente laboral, residuos de atención de la salud y establecimientos de atención de la salud.

Su forma de abordaje es la asistencia técnica, la elaboración de proyectos de normas, el desarrollo del conocimiento y su transferencia (capacitación, publicaciones y difusión), promoviendo y fortaleciendo el desarrollo de las capacidades de las jurisdicciones y la cooperación intra e inter sectorial en el ámbito nacional.